مات محمد على باشا يوم 2 أغسطس 1849، لكنه فى الحقيقة كان قد انتهى قبل ذلك بسنوات، وبالتحديد فى سنة 1841 بعدما أجبر على الخضوع للشروط التى فرضها عليه الخليفة العثمانى.
وبحلول عام 1848 أصيب محمد على بالخرف، وأصبح توليه عرش الدولة أمرًا مستحيلاً، فعزله أبناؤه وتولّى إبراهيم باشا إدارة الدولة، وحكم مصر 6 أشهر، لكنه توفى بعدها.
عندما مات إبراهيم لم يكن محمد على قادرا على إدراك ذلك، نتيجة اشتداد الخرف عليه، فلم يبلغوه، وتوفى بعدها بأشهر قليلة فى قصر رأس التين بالإسكندرية، ثم نُقل جثمانه إلى القاهرة حيث دُفن فى مسجده بقلعة الجبل.
وقبل ذلك تنازل محمد على باشا على الحكم لحفيده عباس باشا ابن ولده طوسون، بعد وفاة ابراهيم باشا.
وقد نوه نوبار باشا أول رئيس وزراء فى مصر، على ذلك قائلا: آواخر عام 1847 سافر إبراهيم باشا إلى إيطاليا، وهناك كان دائم السؤال عن أخبار والده الذى كان يعانى هو الآخر من تدهور فى صحته، وبعد عودة إبراهيم من إيطاليا أصيب أبوه الوالى الكبير محمد على باضطراب عقلى، وأصبح يخفى عجزه عن تجميع أفكاره عن طريق التزام الصمت لفترات طويلة، غير أنه يظل يحتفظ بمظهرة السامى ويتخذ جلسته المعهودة متربعا على أريكته فى قصره بشبرا، وحين سافر محمد على إلى نابولى ودخل الحجر الصحى عام 1848 قرر إبراهيم باشا السفر إلى تركيا كى يحصل على فرمان بتوليه الحكم بعدما حدث لأبيه.
وفى عام 1848 نشرت “الوقائع المصرية” فى العدد رقم 113 الصادر فى الخامس من جمادى الثانى أنه نظراً لمرض محمد على فقد تشكل مجلس فوق العادة تحت رئاسة إبراهيم باشا لتسيير دفة أعمال الحكومة، واجتمع الديوان فى 24 من شوال بحضور العلماء والمشايخ وأشراف البلد ومن لزم حضوره من الذوات بديوان الغورى حيث قرئ على رؤوس الأشهاد الفرمان القاضى بتعيين إبراهيم باشا والياً على مصر فى أبريل عام 1847 وصدر فرمان التقليد من الباب العالى بذلك.
وظل إبراهيم باشا يحكم مصر طيلة 6 أشهر فقط، حتى تمكن منه المرض وتوفى فى 10 نوفمبر 1848، فخلفه ابن أخيه عباس حلمى، وفى هذا الوقت كان محمد على باشا يعانى من ضعف فى قواه العقلية وضعف ذاكرته، حتى أنه لم يستوعب خبر وفاة ابنه إبراهيم.